История фонда начинается в 2019 году, когда по инициативе бизнесмена Серика Толукпаев был создан Фонд устойчивого развития сельских территорий. Он собрал неравнодушных граждан страны с целью улучшения жизни на селе. А первым регионом стал родной для бизнесмена район Катон-карагай.

2019 году Фонд устойчивого развития сельских территорий и Назарбаев интеллектуальные школы запустили проект "Сельская школа Powered by NIS". Проект направлен на сокращению разрыва в качестве образования между сельскими и городскими школами. "Качественное образование должно быть доступна каждому, вне зависимости от места проживания" - заявили партнеры проекта.  

В 2022 году основатели Фонда устойчивого развития сельских территорий вывели образовательные проекты в отдельный фонд и создали Фонд устойчивого развития образования.

14 июля 2022 года был подписан меморандум о сотрудничестве между фондом "Қазақстан халқына", Фондом устойчивого развития образования и АО "Назарбаев интеллектуальные школы", в рамках которого был выделен грант в размере 4.25 млрд тенге на благотворительный проект "Развитие потенциала опорных школ в сельской местности".  

В 2023 году был дан старт второму этапу проекта по развитию потенциала опорных школ в сельской местности. Во второй этап вошли 62 школ в районах и моногородах Казахстана.

В 2024 году еще 56 школ страны присоединились к проекту по развитию опорных школ страны.

В декабре 2024 года Президент страны Касым-Жомарт Токаев посетил опорную школу в городе Хромтау. Касым-Жомарт Токаев был ознакомлен с особенностями образовательного процесса и лабораторной работой учащихся.